In 1939 treft conservator Six, tevens directeur van het Dordrechts Museum voorzorgsmaatregelen. In de kelder van de het museum laat hij de brand- en kluisdeur opknappen en brandwerende muren plaatsen. De collectie prenten en tekeningen - de Atlas Van Gijn - krijgt een ‘bomvrij onderkomen’ in de Eerste Nederlandsche Verzekeringsmaatschappij aan de Bellevuestraat In Dordrecht.
De wandtapijten uit de Zaal verhuizen naar Museum Boijmans van Beuningen en twee jaar later naar een schuilkelder van de Gemeente Amsterdam in de duinen bij Castricum. De wanden van de Zaal worden bekleed met jute. In de Zaal worden scheepsmodellen opgesteld, handig bij elkaar. In geval van nood kunnen ze aan boord van een klaarliggend schip worden gebracht. Later, in 1944, worden de scheepsmodellen alsnog verplaatst naar het kasteel te Heukelum.
Kleine schilderijen worden ondergebracht in de kluis van de Dordrechts Onderlinge Credietvereeniging aan de Groenmarkt. De overige schilderijen gaan naar de kluis van het Dordrechts Museum, met uitzondering van een paar werken die verhuizen naar de Rijksschuilkelder in Paasloo, waar ook kisten met penningen en munten en het gildezilver naartoe worden gebracht. 'De Zeeslag' van Willem van de Velde vindt een veilige plek in de kelder van het Mauritshuis. Kunstvoorwerpen krijgen een plek in kasteel Loevestein.
Na de oorlog komt de museumcollectie stukje bij beetje terug. Gelukkig hebben de Dordtse musea weinig oorlogsschade geleden. Slechts enkele porseleinen voorwerpen barstten of braken door het trillen van bominslagen.